污染物排放總量控制司（簡稱總量司）

    主要職責：    

　　承擔落實國家減排目標的責任。擬訂主要污染物排放總量控制、排污許可證和環境統計政策、行政法規、部門規章、制度和規範，並監督實施。組織測算並確定重點區域、流域、海域的環境容量。組織編制總量控制計劃。提出實施總量控制的污染物名稱、總量控制的數量及對各省（自治區、直轄市）和重點企業的控制指標。監督管理納入國家總量控制的主要污染物減排工作。負責污染減排工程運行監督工作。建立和組織實施總量減排責任制考核制度。負責審核涉及增加主要污染物排放總量新上項目的總量指標。負責核準節能減排財政和價格補貼。負責環境統計和污染源普查工作。組織編制併發布環境統計年報和統計報告。組織開展排污權交易工作。

    內設機構：

    根據上述職責，設4個內設機構。
　　
　　1、綜合處
　　
　　承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計劃與總結等綜合性事務和綜合協調工作；組織擬訂並監督實施總量減排責任制考核制度、排污許可證制度；建立重點污染源臺帳；組織開展總量減排核查工作。
　　
　　2、水污染物總量控制處（簡稱水總量處）
　　
　　擬訂水污染物排放總量控制制度、規範並監督實施；組織編制主要水污染物總量控制計劃及年度減排方案，並監督實施；組織核定主要水污染物排放總量減排情況；審核新增水污染物排放項目總量指標；負責水污染減排工程運行監督工作。
　　
　　3、大氣污染物總量控制處（簡稱大氣總量處）
　　
　　擬訂大氣污染物排放總量控制制度、規範並監督實施；組織編制主要大氣污染物總量控制計劃和年度減排方案，並監督實施；組織核定大氣污染物總量減排情況；審核新增大氣污染物排放項目總量指標；負責大氣污染減排工程運行監督工作。
　　
　　4、統計處
　　
　　擬訂環境統計管理制度；組織編制環境統計規劃與計劃，並監督實施；承擔污染源普查工作；承擔環境統計工作；組織編制併發布環境統計年報和統計報告。