初步測算庫區水污染防治工程總投資為392.2億元。其中庫區192.1億元，影響區78.2億元，上遊區109.9億元，基礎能力建設和企業關閉補助12億元。按階段劃分，200l∼2005年244.1億元，2006∼2010年148.1億元。

    本規劃中的城鎮生活污水處理廠、垃圾處理場、危險廢物治理工程，次級河流綜合整治、生態環境保護、監測體系和科技保障能力建設等工程的項目以國家資金投入為主。地方政府負責徵地、拆遷、公共設施等基礎建設條件。

    工業廢水、固體廢棄物、船舶污染治理工程，按照“污染者付費”的原則，資金主要由企業自籌解決或銀行安排專項貸款。庫區及影響區工業污染治理投資，國家給予適當補助。

    三峽建委移民局要督促湖北、重慶兩省移民部門，按照《長江三峽工程水庫區淹沒處理及移民安置規劃報告》，保證相應環保資金。

    各級政府要加大污水處理費、垃圾處理費徵收力度，逐步提高庫區排污費和處理費徵收標準。在2005年以前，達到保證污水處理廠和垃圾處理場正常運行的水平。