長江流域　幹流水質良好。31個水質監測斷面主要污染指標均達到Ⅱ至Ⅲ類水質。主要一級支流漢江達Ⅰ至Ⅱ類水質；嘉陵江達Ⅱ至Ⅲ類水質，湘江、資江、沅江和澧水4條河流達Ⅱ至Ⅳ類水質。
　　三峽庫區7個水質監測斷面中，5個斷面為Ⅱ類水質，2個斷面為Ⅲ類水質。

　　黃河流域 面臨著水資源短缺和水體污染的雙重壓力。1999年黃河累計斷流42天，比上年減少95天。114個水質監測斷面中，Ⅰ至Ⅲ類水質斷面比例為18.4%，Ⅴ類和劣Ⅴ類水質斷面比例為63.1%。主要污染指標為高錳酸鹽指數、生化需氧量、氨氮、石油類等。主要支流汾河、渭河、伊洛河、小清河污染嚴重。

　　珠江流域 水質總體良好。42個水質監測斷面中，幹流Ⅲ類、Ⅳ類水質斷面各佔50.0%，西江87.0%的斷面為Ⅱ類水質，北江各斷面為Ⅱ至Ⅲ類水質，東江90.0%的斷面為Ⅱ類水質，幹流廣州段污染相對較重。主要污染指標為高錳酸鹽指數、氨氮等。

　　松花江流域 處於中等污染水平。幹流17個水質監測斷面中，Ⅱ至Ⅲ類水質斷面佔17.6%，Ⅳ類佔70.6%。主要污染指標為高錳酸鹽指數和氨氮。

　　淮河流域 幹流基本以Ⅲ類水質為主，支流以Ⅳ類至劣Ⅴ類水質為主，河流省界斷面以Ⅴ類及劣Ⅴ類水質為主。1999年度因降雨量偏小，水質略差于上年。

　　淮河流域的79個水質監測斷面中，Ⅴ類和劣Ⅴ類水質斷面比例達56.2%，符合Ⅳ類水質達43.8%，主要污染指標為非離子氨（氨氮）和高錳酸鹽指數。

　　海河流域 污染嚴重。171個水質監測斷面中，符合Ⅰ至Ⅲ類水質斷面比例為41.5 %，Ⅳ類比例為8.8%，Ⅴ類及劣Ⅴ類比例為49.7%，主要污染指標為高錳酸鹽指數、非離子氨等。

　　遼河流域 污染嚴重。52個水質監測斷面中，劣Ⅴ類佔69.3%（幹流15個斷面中劣Ⅴ類比例高達86.7%），渾河瀋陽段、大遼河鐵嶺段和太子河鞍山段污染尤為突出。主要污染指標為化學需氧量、高錳酸鹽指數、石油類和氨氮。

　　浙閩片河流 浙閩片河流總體水質良好。水質達到或優於地表水環境質量Ⅲ類標準的河段佔71.0％，其中，Ⅰ類水質為6.0％，Ⅱ類水質為24.0％，Ⅲ類水質為41.0%。在29.0％的污染河段中，Ⅳ類水質為16.0％，Ⅴ類水質為9.0％，劣Ⅴ類水質為4.0％。主要污染指標為氨氮。金華江和衢江污染相對較重。

　　內陸河流 內陸片河流污染較輕，93.0％的評價河段水質達到或優於地表水環境質量Ⅲ類標準，其中，Ⅰ類水質的河段佔17.0％，Ⅱ類水質42.0％，Ⅲ類水質34.0％；7.0％的污染河段中，Ⅳ類水質的河段佔5.0％，Ⅴ類水質佔2.0％，主要污染指標為氨氮、揮發酚等。

　　城市河段 流經城市的河段普遍受到污染。141個國控城市河段中，36.2%的城市河段為Ⅰ至Ⅲ類水質，63.8%的城市河段為Ⅳ至劣Ⅴ類水質。其中，47個環保重點城市(直轄市及省會城市、經濟特區、沿海開放城市和重點旅遊城市)的典型水域中，19.2%的水域為Ⅱ類水質，14.9%為Ⅲ類水質，25.5%為Ⅳ類水質，10.6%為Ⅴ類水質，29.8%為劣Ⅴ類水質。華東地區和長江、黃河沿岸城市地表水因地表逕流較大而水質較好，海河、遼河等沿岸的城市地表水水質較差。
　　各城市典型水域仍以氨氮和有機污染為主，主要污染指標為氨氮、高錳酸鹽指數和生化需氧量等。
　　七大水系污染程度由重到輕順序為：遼河、海河、淮河、黃河、松花江、珠江和長江。與上年相比，海河Ⅴ類和劣Ⅴ類水質比例下降約10個百分點；淮河因逕流量偏小導致有機污染加重；黃河干流水質略有好轉；珠江水質略變差；長江、松花江和遼河水質變化不大。

　　太湖流域 全湖處於中富營養狀態。101個水質監測點中，Ⅴ類和劣Ⅴ類水質斷面比例為65.4%，Ⅱ至Ⅳ類水質斷面比例僅為34.6%。主要污染指標為總磷、總氮和高錳酸鹽指數。

　　滇池流域 富營養化依然嚴重。13個水質監測點均屬劣Ⅴ類，氮、磷污染十分突出，從高錳酸鹽指數和生化需氧量兩項指標看，其水質分別達Ⅳ類和Ⅴ類。

　　巢湖流域 1999年底工業污染源達標排放後，營養狀態指數有所下降，但仍屬富營養狀態。湖體11個水質監測點中，7個屬Ⅴ類和劣Ⅴ類水質。主要污染指標為總磷、總氮。

　　北京密雲、遼寧大伙房、天津于橋、湖北丹江口、合肥董鋪、青島嶗山、煙臺門樓、漢中石門和杭州新安江9座大型水庫中，于橋、董鋪和嶗山水庫為Ⅲ類水質，其它6座水庫為Ⅱ類水質，大型水庫水質總體良好。新安江、丹江口和密雲水庫處於貧營養狀態，其它6座水庫處於中營養狀態。
　　九座大型水庫相對污染程度由重至輕順序為：董鋪、于橋、嶗山、石門、門樓、大伙房、密雲、新安江、丹江口。與上年相比，大型水庫水質變化不大。

　　1999年，全國工業和城市生活廢水排放總量為401億噸，比上年增加6億噸。其中工業廢水排放量197億噸，比上年減少4億噸；生活污水排放量204億噸，比上年增加10億噸；生活污水排放總量首次超過工業廢水排放量。廢水中化學需氧量（COD）排放總量1389萬噸，其中工業廢水中COD排放量692萬噸，生活廢水中COD排放量697萬噸。

　　1999年，我國工業廢水處理率（含縣及縣以上工業和重點鄉鎮工業污染源）為87.2%，與上年持平；工業廢水排放達標率為66.7%，比上年提高1.4個百分點，縣及縣以上工業廢水處理率和排放達標率為91.1%和72.1%，比上年分別提高了2.9和5.1個百分點。

　　《海河流域水污染防治規劃》和《遼河流域水污染防治規劃》開始實施 在新聞媒體公佈了上述兩流域重點污染源名單，加強輿論監督。其中海河流域1591家重點污染源中， 811家已經完成了治理任務，待驗收149家，235家污染治理設施正在建設，未動工98家，停產298家；遼河流域707家重點污染源中，394家已經完成了治理任務，待驗收14家，92家污染治理設施正在建設，未動工126家，停產81家。

　　滇池流域污染源達標排放 為確保“99昆明世界園藝博覽會”舉辦成功，國務院《滇池流域水污染防治規劃》中確定了1999年5月1日前所有重點污染源達標排放、滇池景觀明顯改善的治理階段目標。到當年4月底，全流域日排廢水100噸以上的144家重點污染源中,有142家完成治理任務，另2家被責令停產治理，實現了“規劃”的要求；滇池草海底泥疏浚一期工程已完成，疏挖面積2.88平方公里，共疏挖底泥424萬立方米；流域內已建成4座城市污水處理廠，處理能力為36.5萬噸/日。