降水分佈 1999年，中國降水分佈呈現北少南多的極不均勻狀態，江西、安徽、浙江、廣西、廣東、雲南等省區的部分地區年降水量超過2000毫米，較常年偏多25%；與此相反，河北平原及山西、遼寧等省的部分地區僅200∼300毫米，較常年偏少50%左右。夏季，北方地區降水出現了建國以來的最小值，江淮、黃淮、華北等地的大部地區夏旱嚴重；長江流域大部地區降水過程頻繁，自1998年大洪水之後，1999年又是一個多雨年。

　　氣溫分佈 1999年，全球仍處於暖期，中國年平均氣溫普遍較常年偏高。大部分地區年度平均氣溫偏高l℃，但偏高的幅度已較1998年有所下降。1998∼1999年冬季是近50年來最暖的冬天，也是繼1986年以來的第13個暖冬。夏季黃河以北大部地區季平均氣溫偏高1∼2℃，華北中北部地區偏高2∼3℃，並出現階段性持續高溫天氣。黃河以南大部地區平均氣溫接近常年或偏低，其中長江中下游地區高溫日數顯著偏少，出現明顯的“涼夏”天氣。

　　氣象災害 1999年，全國災情屬一般偏重年份，以旱災較為突出。從農業生產角度來看，年內熱量條件較為充足，但階段性變化明顯，部分地區遭受了高溫或低溫霜凍危害，全國大部分地區光水欠足，氣候條件屬一般偏差年景。

　　熱帶風暴 1999年，在西北太平洋及南海海面生成的熱帶風暴17個(常年為28個)，其中僅有5個在中國登陸，登陸地點均集中在福建龍海至廣東珠海之間的數百公里沿海地區。

　　暴雨洪澇 1999年入汛後，中國長江中下游、太湖流域一帶大到暴雨頻繁，長江流域夏季降水量僅次於1954年和1998年，居1949年以來第三位，太湖流域發生了百年一遇的特大洪水；長江中下游出現僅次於1998年的歷史第二高水位。

　　夏季高溫 1999年，中國華北等地分別於6月24日至7月2日和7月23日至7月30日出現兩段持續性晴熱高溫天氣。在第一階段高溫期，日最高氣溫＞35℃的連續日數一般在6至7天，多者達9天，為1949年以來所罕見。在第二個階段高溫期，日最高氣溫一般有35∼39℃，部分地區達40∼42℃，其中北京7月24日最高氣溫達到42.2℃，是1949年以來京城夏季高溫的極值，也是近一百多年來夏季高溫的次高值。

　　地震災害 1999年，中國境內共發生5級以上（含5級）地震72次，其中發生在台灣省域48次，台灣海峽1次，黃海1次，大陸地區22次。發生6級以上（含6級）地震15次，其中大陸地區1次，其餘14次皆發生在台灣省域。台灣省域本年度地震活動頻繁，大陸地區地震活動總體水平較1998年有所下降。

　　1999年，中國大陸地區有15次地震成災事件，共造成51.1萬人受災，其中3人死亡，23人重傷，114人輕傷；27764平方米房屋毀壞，141151平方米嚴重破壞，777022平方米中等破壞，2810855平方米輕微破壞；地震災害直接經濟損失4.59億元。