長江流域 幹流43個水質監測斷面均達到Ⅱ至Ⅲ類水質標準。主要一級支流漢江水質達到Ⅱ類水質標準；嘉陵江達到Ⅱ至Ⅲ類水質標準；岷江、湘江和贛江達Ⅱ至Ⅳ類水質標準。主要污染指標為石油類和氨氮。
黃河流域 幹流7個水質監測斷面Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ類水質比例分別為28.6%、42.8%、14.3%和14.3%。主要污染指標為高錳酸鹽指數等。黃河干流懸浮物濃度高達1500∼5500毫克/升。兩大支流渭河和汾河污染嚴重，主要污染指標為氨氮、高錳酸鹽指數、生化需氧量和石油類。
珠江流域 28個水質監測斷面中，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ類水質比例分別為57.1%、28.6 %、3.6 %和10.7%，水質良好。廣東境內部分江段有機污染指標超過Ⅲ類標準。
松花江流域 16個水質監測斷面中，Ⅲ、Ⅳ類水質比例分別為43.8%和56.2%。其中嫩江達到Ⅲ類水質要求，第二松花江以Ⅲ∼Ⅳ類水質為主，松花江幹流則以Ⅳ類水質為主。主要污染指標為高錳酸鹽指數和生化需氧量。
淮河流域 淮河流域 82個水質監測斷面中，54.8%的斷面達到Ⅰ∼Ⅳ類水質要求，8.9%的斷面屬Ⅴ類水質，36.3%的斷面屬劣Ⅴ類水質。幹流水質基本達到規劃目標高錳酸鹽指數為Ⅲ類的要求。流域枯水期水質較差，豐、平水期水質相對較好。主要污染指標為氨氮和高錳酸鹽指數。
海河流域 56個水質監測斷面中，達到Ⅰ∼Ⅲ類水質要求的佔30.3%，主要分佈在水源地及其上遊生態保護區內，Ⅴ類和劣Ⅴ類水質的斷面比例分別為7.1%和60.7%，主要分佈在一般監管河流、跨省界河流及渤海灣入口處。主要污染指標為高錳酸鹽指數、生化需氧量和氨氮。
遼河流域 16個水質監測斷面中，Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ類和劣Ⅴ類水質比例分別為6.3%、25.0%、6.3%和62.4%。主要污染指標為高錳酸鹽指數和生化需氧量。
浙閩片河流 總體水質良好。水質達到Ⅰ類的斷面佔7.0%，Ⅱ類佔30.0%，Ⅲ類佔45.0%，Ⅳ類佔9.0%，Ⅴ類佔6.0%，劣Ⅴ類佔3.0%。主要污染指標為氨氮。金華江和衢江部分江段污染相對較重。
內陸河流 污染較輕，Ⅰ類水質的斷面佔21.0%，Ⅱ類水質佔52.0%，Ⅲ類水質佔26.0%，Ⅳ類水質佔1.0%。
七大水系污染程度由重到輕順序為：遼河、海河、淮河、黃河、松花江、珠江和長江。各大流域片的主要污染河段均集中在城市河段。
大型淡水湖泊
太湖流域 101個監測點位中，80.0%的點位高錳酸鹽指數達到規劃要求。湖體22個點位中，總氮、總磷等超標突出，屬富營養化狀態。環湖主要河流及環湖交界水體污染嚴重。
滇池 湖體13個監測點位均為劣Ⅴ類水質，草海污染突出，外海高錳酸鹽指數基本可達Ⅲ類水質要求，總氮、總磷污染仍很嚴重，處於重富營養化狀態。
巢湖 湖體12個監測點位中，54.0%的點位為Ⅴ類水質，46.0%的點位屬劣Ⅴ類水質，總氮、總磷超標嚴重，屬中富營養狀態。
其它大型淡水湖泊 洱海、興凱湖和博斯騰湖水質良好，湖體水質均達到Ⅲ類水質標準；洞庭湖、鏡泊湖和洪澤湖水質達到Ⅳ類水質標準；白洋淀、達賚湖和南四湖污染嚴重，均為劣Ⅴ類水質。
大型水庫
北京密雲、撫順大伙房、吉林松花湖、天津于橋、湖北丹江口、合肥董鋪、青島嶗山、煙臺門樓、漢口石門和杭州千島湖等10座大型水庫中，千島湖為Ⅰ類水質，于橋水庫和松花湖為Ⅲ類水質，其餘7座水庫為Ⅱ類水質，大型水庫水質總體良好。丹江口水庫、千島湖和石門水庫處於貧營養狀態，其他7座水庫處於中營養狀態。
地下水
2000年，東北、華北和西北地區因降水量普遍較小及主要城市開採量增加，地下水水位總體呈下降趨勢；東南、中南和西南地區因降水量較大、地下水開採程度相對較低，地下水水位變化較為平衡。
黃淮海地區由於地下水開採量的不斷增加和降水量的減小，近年來地下水位不斷下降，地下水降落漏斗面積及漏斗中心水位埋深在不斷增大；河北、河南豫北地區和山東西北地區的地下水降落漏斗已連成一片，形成包括北京和天津在內的華北平原地下水漏斗區，面積超過4萬平方公里。
2000年，全國多數城市地下水受到一定程度的點狀或面狀污染，局部地區地下水部分水質指標超標，主要有礦化度、總硬度、硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、鐵、錳、氯化物、硫酸鹽、氟化物、pH值等。在污染程度上，北方城市重於南方城市，尤以華北地區污染較突出。我國大部分地區地下水水質趨於穩定或略有改善，但仍有部分城市和地區地下水污染加重。
廢水和主要污染物排放量
2000年，全國工業和城市生活廢水排放總量為415億噸，其中工業廢水排放量194億噸，城市生活污水排放量221億噸。廢水中化學需氧量（COD）排放總量1445萬噸，其中工業廢水中COD排放量705萬噸，生活污水中COD排放量740萬噸。
2000年，全國工業廢水處理率（含縣及縣以上工業和重點鄉鎮工業污染源）為94.7%，工業廢水排放達標率為82.0%；縣及縣以上工業廢水處理率和排放達標率分別為95.0%和82.1%。
